• ¡Welcome to Square Theme!
  • This news are in header template.
  • Please ignore this message.
Здравейте гост! Вход Регистрация


Рейтинг:
  • 31 Гласа - 2.84 Средно
  • 1
  • 2
  • 3
  • 4
  • 5
ДАНТЕ лаборатория
#51
(11-27-2019, 02:52 PM)td120. Писа: От писмото на Yfull :

"1) Transfer the BAM file from Dante Labs to YFull will be more convenient and easier

Dante Labs company plans in December 2019 for all its customers (for those who have received their results earlier and for future users) to add the ability to request for free charge the generation of a BAM file (in a special widget on the website), which will include only Y and/or MT Chromosomes. The user will be able to download this BAM file (Y+MT) to your computer or send a direct link in the order form on the YFull website. This option is preferable. We hope that after this the transfer of the BAM file for analysis will be simple and accessible to everyone!"

Ашколсун!
За който е изпуснал предишните промоции. Нова еднодневна промоция на Данте на цена 169 евра за 30х пълногеномен секвенс. С кода на yfull10цената е 300 лева.
EU-92
R-YP617*(341019,YF02433)
E-V13-BY4523(364883, YF05703)
R1a-Z93-Y15121-Y5271*(364878, YF06450)
J2a-M67-PH2758(366674, YSEQ2606)
J2a-L25-PF5350*(364879, YSEQ2347)
E-V13-FGC11450*(407620,YSEQ3598)
I2a-Y3548*(366675, YF07848)
I2a-Y3548*(414297, YF07821)
U4c1a
 
Reply
#52
Резултатите ми от Dantelab са готови, по-малко от месец след като получиха пробата. Сега свалям файловете и трябва да се ориентирам дали изискват някаква преработка. Оказва се, че вече има програми за конвертиране на .бам файла в 23андМе и други формати, копито по-лесно могат да се заредят в Gedmatch и по други места.
Получих и 3 безплатни репорта, които са доста елементарни, дават като че ли по-малко и от 23амдМе, не са ми намерили опасни мутации за болести. Дават ми, обаче повишен риск от аспирин - като уртикария и други странични ефекти, а аз пия аспирин всекидневно.
Могат да се поръчат допълнително срещу заплащане и други репорти, ако се интересувате от разни области с повишен риск.
МтДнк: Т2
 
Reply
#53
Като продължение на двете ми реплики тук (http://dnagenealogy-bg.org/mybb/showthre...9#pid16109) и тук (http://dnagenealogy-bg.org/mybb/showthre...2#pid16112), и въпроса на genefan (http://dnagenealogy-bg.org/mybb/showthre...3#pid16113), вече в тази рубрика малко коментари за суровите данни на Данте:
Миналогодишният ми bam файл (правен в китайската лаборатория) дойде с големина 113,71 Gb, a fastq файловете бяха 8 двойки, т.е. 16 файла по около 7,5 Gb всеки, т.е. общо около 109 Gb. VCF файлът беше с големина 149 Mb.
Двата тазгодишни ДАНТЕ кита, които ползвахме за сина и дъщеря ми, този път вече в новата им италианска лаборатория, се върнаха с по един bam и по два fastq файла с доста по-малки размери: неговият bam файл- 47,58 Gb, двата му fastq файла- общо 53,3 Gb и VCF файл- 240,4 Mb. Нейните дойдоха съответно: bam файл- 36,57 Gb, двата й fastq файла- общо 42 Gb и VCF файл- 240 Mb.

Статистиката му изглежда двуяка: по-малък брой четения (дълбочина) и по-високо покритие по дължина (като процент).

Четенията при моята Y-Chr. бяха:
Max depth coverage:1583X;
Mean depth coverage: 26.29X;
Median depth coverage: 19X.

Неговият кит в YFULL все още се обработва, но статистиката му за Y-Chr. e
Max depth coverage: 271X;
Mean depth coverage: 14.04X;
Median depth coverage: 13X.

От друга страна, покритието му по дължина е с по-добър процент от мен:
Mapped reads: 2198365(100.00%)
Unmapped reads: 0
Length coverage: 22958841 bp(99.89%).

А при мен беше (с по-малък процент):
Mapped reads: 7063206(100.00%)
Unmapped reads: 0
Length coverage: 25608225 bp(99.82%)

За женския кит има само mT-DNA статистика, и то от типа известни-=- частни мутации.
Така или иначе, представа за броя четения може да се придобие от VCF файла за всяка позиция. Подходящи за отварянето му са програми от типа Glogg или Ultraedit.
Бам файлът е в друг формат и програми за четенето му под уиндоус не знам да има- повечето са под юникс/линукс. В уиндоус среда съм го обработвал с WGS Extract (подробности- в горните линкове) и с BAM_Analysis_Kit, но той обработва всяка хромозома средно по един ден, така че 22+Y+mT отнемат доста време.... A и последните му две версии се оказваха все с някакви бъгове...
Ако някой има опит за споделяне- давайте.
 
Reply
#54
Заредих WGS Extract и успях да получа няколко файла в различен аутозомен формат. Но мен ме интересуваше главно мтДНК, тъй като съм жена. Оказа се, обаче, че бутона Generate a FASTA file, that contain only the mtDNA не работи. Так ли е при всички?
МтДнк: Т2
 
Reply
#55
(12-29-2019, 03:15 PM)genefan Писа: Заредих WGS Extract и успях да получа няколко файла в различен аутозомен формат. Но мен ме интересуваше главно мтДНК, тъй като съм жена. Оказа се, обаче, че бутона Generate a FASTA file, that contain only the mtDNA не работи. Так ли е при всички?

Бам файловете на двата ми нови кита явно са в някакъв различен формат, затова програмата ти предлага да конвертира бам файла. Приеми- става за няколко часа. След това посочи него, плюс изходната директория. Така стават активни някои от опциите. Автозомното генериране и генерирането на бам с Y-DNA + mT-DNA. Но не съм сигурен за фаста. Защото съм ползвал варианти 2 и 3 по-долу.

Вариант 2.
Аз лично съм си вадел мито хромозомата във фаста формат така:
1. Копиране на всички позиции на mT-хромозомата от VCF файла:
1.1. Отваряне с GLOGG или Ultraedit на VCF файла;
1.2. Маркиране на всички редове на mT-хромозомата и копиране;
1.3. Поставяне в новосъздаден txt файл.
1.4. Копирай и постави най-отгоре на новия файл vcf headеrs, т.е. началото на vcf файла до етикетите на полетата, но без първа хромозома

2. Качи/upload новосъздадения файл в Хаплогреп (https://haplogrep.i-med.ac.at/app/index.html) Целият vcf файл е много голям, затова трябва да се направи упражнение 1.

3. От меню експорт можеш да избереш фаста, и Хаплогреп ще ти сервира Мито хромозомата вече във формат фаста.

4. Ползваш фастата в избрани от теб сайтове.

Това съм го правил и за трите ми кита- успешно. Както и ръчно вадене и търсене на терминален снип в Y-хромозомата...

Вариант 3. Качваш в YFULL целият бам файл (или много по-малката създадена от WGS Extract бам извадка с Y-DNA + mT-DNA) и след края на анализа, има опция за сваляне на фаста файла.
GL
 
Reply
#56
Thanks, но тъй като имам вече mtFULL от FTDNA на дъщерята, мога да кача нея в YFULL. NGS не гарантира намиране на всички мутации, може да си поиграя само за сравнение.
Ако някой не иска да си играе сам с трансформации, има опция да си поръча FASTQ Mapping to hg38 на YSEQ срещу 25$, където ще му екстрахират мутациите за У хр. и мтДНК. Проблемът е само как да имат достъп до FastQ файловете, защото те са около 60GB, а Google Drive и Dropbox имат безплатни само 15GB.
https://www.yseq.net/product_info.php?cP...5e51e2b1df
МтДнк: Т2
 
Reply
#57
(12-29-2019, 02:36 AM)genefan Писа: Thanks, ще пробвам по-късно, още зареждам файловете. Колко ти е голям .бам файла, моят е 44.3GB, а FASTQ 25.4GB. С коя програма се изчисляваше покритието, много се оплакват, че е много по-малко от обещаното 30Х.

Наскоро пробвах https://bam.iobio.io/home
Тества bam и bai файловете. Става бързо
 
Reply
#58
https://www.dantelabs.com/search?type=pr...=alignment
29 Euro пренареждането по hg38.

"FASTQ data aligned to the reference genome GRCh38 ;
GRCh38 is the last genome version release;
Receive BAM files, CNVs, SVs, Indels and SNP aligned to the reference GRCh38 via cloud, with the possibility to access your data from anywhere."

Хъ сега тълкувай какво значи "access your data from anywhere"... да е shareable link (чиста работа) като .bam файла на FTDNA ? Или пак ще трябва да сваляш на компа и да търсиш варианти за ъплоуд в облаци и пр...
Както и да е,поръчах и ще докладвам. Купонът yfull10 е все още валиден.

YSEQ е вариант също,ама пак не минава лесно(хората им дават паролата си за Dante акаунта,лабораторията тегли FASTQ-файловете,после потребителят пак си сменя паролата). Обаче и не съм сигурен дали YSEQ дават share link към иначе многото файлове,които получаваш за $25.
https://www.yseq.net/product_info.php?cP..._id=107732
 
Reply
#59
Dante имат някаква промоция по случай Rare Disease Day on Feb. 29.

Dear Customer,

To celebrate the Rare Disease Day on Feb. 29, we decided to allow you to dive deeper into your DNA and get the All Panels Package at $199 (rather than $499). Just insert SPECIALPANEL at checkout or click the link below.

Хубаво,ама като се опиташ да поръчаш тест,тоталът се нулира. То бива намаления,ама хич пък толкоз.... То вярно сайтът им хич го няма,ама...Пък може се опитват да си "наберат" хората материал ...
Махнеш купона- $299. Върнеш го обратно- $0 (!)

Your order is free. No payment is required.
Whole Genome Sequencing Full DNA Test (30X)
8 weeks - Standard

Че и ти благодарят даже...
 
Reply
#60
Да, грешка в софтуера са имали...e, поправили са я-цената е $299 .
 
Reply
  


Към форум: