Форум за Българска ДНК Генеалогия

Оригинален вид: Abstracts Human Evolution Conference Cambridge
В момента разглеждате олекотената версия. Вижте оригиналния вид с форматирано съдържание.
Това са някои презентации от конференцията, които могат да ни заинтересуват. Обикновено са последвани от публикации в научни списания, затова ще видим подробности в бъдеще. 
https://coursesandconferences.wellcomege...aspx?e=651

Пак много се върти около произхода на Рома, този път с NGS тестове. Както ясно личеше и от 23андМе резултати, изглежда след излизането от Индия, Рома са живели известно време в Близкия Изток, където са се измесили донякъде с местните, преди да пристигнат в Европа. Там пък са изместват в различна степен с разни европейци, като не винаги това зависи пряко от околното население в момента.

Roma population ancestry from a whole genome sequence perspective: preliminary results.

Erica Bianco1, Carla Garcia-Fernandez1, Begoña Dobon-Berenguer1, Mihai G. Netea2, Jaume Bertranpetit1, David Comas1

Roma people are the largest minority in Europe. Previous linguistic and genetic studies showed Roma people originated in the Northwest part of the Indian subcontinent 1.5 kya. Around 1 kya, Roma arrived in Europe and spread in the European continent in different migration waves. Previous studies showed Roma genomes exhibit West Eurasian and South Asia ancestry components, similarly to Indian populations. However, unlikely other Indian populations, Roma undergone recent admixture with European populations, as shown by uniparental studies. These recent admixture events theoretically increased Roma West Eurasian ancestry. Up to date, the distinction between the recent admixture and the West Eurasian ancestry already present in Roma before the arrival in Europe has not been addressed.
Using whole genome sequencing data of 46 Roma people, we analyzed Roma ancestry patterns and determined the West Eurasian component due to recent admixture with Europeans.
In a clustering analysis, we found Roma comprise ~75% West Eurasian component and ~25% South Asia component . We approached Roma complex admixture pattern by fitting different demographic scenarios, which included one or more admixture events, to real data. We found that the best fit scenarios are those in which ancestral Roma are the result of the admixture between ancestral West Eurasians and ancestral South Asians followed by the admixture between proto-Roma (recently arrived to Europe) with Europeans and a period of isolation. On average, in all possible scenarios, Roma present ~80-85% of West Eurasian ancestry, divided into the European recent admixture and the West Eurasian ancestry of ancestral Roma. In all cases, the recent European admixture accounted for more than 50% of overall West Eurasian ancestry.
Our preliminary results confirm Roma have a complex demographic history that cannot be explained just by an admixture event between Indian and European populations. Roma ancestors were already the result of the admixture between West Eurasian and South Asian ancestries. After the out of India, they further admix with Europeans, increasing their West Eurasian ancestry component.

Complete Y chromosome sequences reveal the founder events in different Roma groups
Carla García-Fernández, Neus Solé-Morata, Neus Font-Porterias, Erica Bianco, David Comas, Francesc Calafell

The Roma are suggested to have originated from the North-Western India, and to have diverged into distinct migrant groups after their arrival in Europe 1kya. Little is known about the internal diversity and stratification of these different groups. This is due to that most of the studies on the subject have considered only the country of origin instead of the Roma group affiliation, and to the small number of SNPs and Y-STRs used in most studies, that masks their complex population history.
Here we generated 40 whole Y chromosome sequences by using whole-genome shotgun paired-end sequencing (Illumina HiSeq X Ten), from five different European Roma populations belonging to the four major migrant groups.
We found that tree founder haplogroups (H1, I1, J2), defined the 57.5% of the Y Roma lineages, showing the low diversity in the Y chromosomes of Romani, a consequence of their recent origin and spread.
Interestingly, North-Western Roma showed very similar frequencies of haplogroups in Spain and Lithuania despite their very geographically distant regions. In contrast, Romungro Roma and Vlax Roma, which belong to the same country (Hungary) show different haplogroup compositions. This suggests that structure within Romani could be more related to the migrant affiliation than to the geographical origin.


Белорусите се опитват да разберат дали има континюитет между старото и ново население с тестване на кости от различни периоди, но в абстракта не е споменат отговора от гледна точка е генетиката

Human aDNA diversity from Eastern European territory
Alena Kushniarevich1,2, Lehti Saag3, Kristiina Tambets1, Maxim Charniauski4, Mikalai Pamazanau4, Alexei Avlasovich4, Andrei Voitehowich4, Anu Solnik1, Tuuli Reisberg1, Jüri Parik3, Oleg Davydenko2, Mait Metspalu1

In our project, we focus on dynamics of human population structure in Eastern Europe during the last four thousand years. We have extracted DNA from 14 teeth representing two temporal layers of today's Belarus territory. One sample belongs to the Bronze Age Corded Ware culture, whereas 13 are from Middle Age (11-13 cc AD) Slavic and Baltic ethnic contexts. Paired-end libraries for all samples were sequenced with Illumina NextSeq500 with the average genome coverage of ~0.3x. Variant calling was done using ANGSD (doHaploCall command) using the list of SNPs from the aDNA data set in Lazaridis et al., 2016. For the initial investigation of the newly generated aDNA sequences we have performed PCA, projecting aDNA samples on the PC, calculated from the modern human variation from Central-East Europe. We also have determined mtDNA haplogroups for all our samples using mtDNA-Server and haplogrep online tools.
To tackle the questions of genetic continuity/discontinuity and the possible reasons thereof (e.g. signals of recent selection) in East Europe during the time period of our interest, we are going to apply allele frequency-based analyses (PCA, ADMIXTURE, f3-statisctics etc) to our low-coverage genomes, available samples from Medieval Central-Eastern Europe and of Bronze Age samples from West Eurasia, as well as today's populations. For the genomes of high coverage, we are planning to run haplotype-based analyses.

Изглежда интереса към много стари кости от палеолита и неолита в Европа се измества към антични и средновековни времена. Все пак абстрактите касаят главно Европейски покрайнини като Финландия, Естония и Холандия, а не това, което нас ни интересува.

A genetic history of the Dutch population

[b]Tracing human migrations in Medieval Europe through paleogenomic analysis[/b]

[b][b]History of Early Medieval populations from the eastern Italian Alps (BioArchEM project)[/b][/b]

[b][b][b]Genome-wide data from the Iron Age provides insights into the population history of Finland.[/b][/b][/b]

[b][b][b][b]Ancient genome wide analyses infer kinship structure in an Early Medieval Alemannic graveyard[/b][/b][/b][/b]

[b][b][b][b][b]Demographic processes in Estonia during Bronze Age and Iron Age[/b][/b][/b][/b][/b]

[b][b][b][b][b][b]Genomics of Middle Neolithic farmers at the fringe of of Europe[/b][/b][/b][/b][/b][/b]

[b][b][b][b][b][b][b]Population structure of Medieval Estonia[/b][/b][/b][/b][/b][/b][/b]



Нещо, което ни засяга повече е изследването за кримските татари. Оказва се, че има разлика между отделните групи, някои са явно с Иточнозиатски произход, а някои изглеждат повече Средиземноморци и би трябвало да са наследници на старата гръцка колонизация на полуострова.

Between Sea and Steppe: the genetic legacy of historical marine and steppe migrations in Crimean populations

Oleg Balanovsky1,2, Anastasiya Agdzhoyan1, Lubov Atramentova3, Nikolas Makmak4, Elena Balanovska2, Richard Villems5

The known demographic history of the Crimean peoples has been turbulent. Already Herodotus recorded the presence of Scythians and Taurs, as well as Greek polices, the latter established as a part of the Great Greek colonization, starting around 7 century BC. During the following 2,5 millennia numerous powers, to name just Cimmerians, Goths, Hunns, Khazars, Byzantine, Genoese, Ottomans, and Russians ruled the Crimea, likely concomitant with many waves of smaller and larger migrations. Such a complicated history raises the question which migration flows (Mediterranean, Steppe, or Slavic) contributed most significantly to the Crimean populations from antiquity till modern times.
The present day indigenous Crimean populations include three subethnic groups of Crimean Tatars - Steppe, Mountain, and Coastal - all Turkic speaking and Muslim, and two groups of Crimean (Azov) Greeks: Romeis, who speak Greek, and Urums, who changed language to Turkic, though did not convert to Islam. We studied these five populations by genome-wide (autosomal), Y-chromosomal, and mtDNA markers. All three genetic systems indicated that Steppe Crimean Tatars are genetically similar to the steppe Asian populations, while all other Crimean groups - including Coastal and Mountain Tatars and both groups of Greeks - resemble the Mediterranean gene pool. We suggest that this differentiation reflects two main sources of the Crimean population. The "marine" component might have arrived along with antique Greek colonists from Greek cities in the Asia Minor, mainly from Miletus. This "ancient Greek" component still persists not only in Crimean Greeks, but also predominates in Coastal and Mountain Crimean Tatars, whose origin can be therefore reconstructed as language shift by the elite dominance model. Meanwhile, the "steppe component" has likely arrived in the medieval times along with the Golden Horde nomads. The cartographic analysis locating origin of these two sources in space, IBD analysis to infer timescale, as well as aDNA data on Scythians and ancient Greeks and Anatolians, supported this dual model of the origin the studied by us Crimean populations.
This study was partly supported by the Presidium RAS Programme "Molecular and Cell Biology".
Къде може да се прочете първата публикация? Испанските Рома са предимно с У хаплогрупа J2. При унгарските и сръбските значително се променят хаплогрупите към предимно европейски. При българските над 50% е Н, а също и при румънските, македонските и гръцките, тоест поне по бащина линия при Балкан Влах Рома индостанското би трябвало да е повче от западна Евразия. Явно са с западноевразийки по майчина линия, на автозомни резултати румънски Рома излизат с повече близък Изток и Европа от източна Азия: http://www.anthrogenica.com/showthread.p...673dca6614

За последната публикация също няма линкове? Това явно са препринти. Урумите и ромеите нямат връзка с гърците по хаплогрупи http://s016.radikal.ru/i337/1501/df/76a511385be6.png
http://forum.molgen.org/index.php?topic=8117.0
Високото I1 със сигурност е от Европа, а високото им L трябва да е от арменците или азиатците. Имат ниско Е - между 2 и 4%! Това го няма никъде в Гърция. В руската Уикипедия пише, че те са тюркизирани арменци, приели източно православие и сега даже гърцизирани и едва ли не повечето се имали за гърци, въпреки че не говорят гръцки. За кримските татари няма как през средизменоморието да се докаже гръцка връзка, а кримските татари също имат 4% Е, така че не личи сериозна гръцка връзка. Явно Steppe Crimean Tatars са различни от Mountain и Coastal , отде да знам. Явно повече гъркини по майчина линия да са асимилирани. Няма и помен за арменска компнента в увода, а това е от основно значение.
Tова не са печатни публикации, а презентации на конференция. По-важните се представят от докладчик, който ползва слайдове и друг нагледен материал, така че само присъстващите могат да слушат и да си водят записки, защото не им се дава цялата статия.
По-маловажните обикновено се представят на poster session - в една зала на стената са закачени постери с авторите пред тях и само който се интересува отива да им задава въпроси.
Така научните работници се изхитрят да разтягат трудовете си в многобройни публикации. Нашите около Карачанак и сие докладваха по разни конференции малко по малко поне 2 години, преди да излезе основната публикация.

Относно Рома те се интересуват само от 'founder" хаплогрупи, а не попадналите вече в Европа. Имаше голямо изследване за хаплогрупите и се доказаха 3 общи за всички европейски Рома - H1a, I1, който по нашия Рома се доказа I1-Z141 и J2a-M67. Сега са им направили и пълни геноми и нещата са вече на дълбоко ниво.
В момента тече и собствената на FTDNA The 13th Annual International Conference on Genetic Genealogy. Надявам се, че ще има прилежно записващи и ще се докладва какво са говорили на някои блогове и туити. Програмата, обаче не изглежда особено интересна, повечето е за начинаещи.

https://www.familytreedna.com/conference/
(11-12-2017, 02:16 PM)genefan Писа: [ -> ]В момента тече и собствената на FTDNA The 13th Annual International Conference on Genetic Genealogy. Надявам се, че ще има прилежно записващи и ще се докладва какво са говорили на някои блогове и туити. Програмата, обаче не изглежда особено интересна, повечето е за начинаещи.

https://www.familytreedna.com/conference/

Между другото, обикновено след тяхната конференция започва промоцията.
(11-12-2017, 02:16 PM)genefan Писа: [ -> ]В момента тече и собствената на FTDNA The 13th Annual International Conference on Genetic Genealogy. Надявам се, че ще има прилежно записващи и ще се докладва какво са говорили на някои блогове и туити. Програмата, обаче не изглежда особено интересна, повечето е за начинаещи.

https://www.familytreedna.com/conference/

Тук са подробни записки от конференцията на ФТДНА:

http://www.ancestorcentral.com/13th-inte...-saturday/